HIV病毒变异在一线和二线抗逆转录病毒药物失败时很常见。在那些没有服药的患者中，HIV病毒的传代更新速度极快，一个HIV病毒一天就可以复制出10亿个。它们的构造非常简单，仅由几个酶（包括了反转录酶、蛋白酶、整合酶），还有一个病毒RNA单链片段构成。反转录酶的作用是复制病毒RNA基因形成新病毒的RNA片段，但反转录酶经常会犯错，它每复制一万个RNA中的不同核糖核苷酸分子通常情况下能够复制正确，但是在它每合成的一个新病毒RNA中，总会有1-3个核糖核苷酸分子发生复制错误。它们每一个都不一样，专业地说就是具有异质性，导致病毒中的一部分会出现耐药性变异，这将使它们获得阻断药物的能力。如果患者体内的病毒发生耐药性变异早于服用药物，或者药物浓度在患者体内无法达到一定量的话，这些变异病毒就无法被消灭而被“筛选”出来，逐渐使耐药性病毒占据了主流。
    那么是什么行为导致了耐药性产生呢？首先是患者不遵医嘱服药，使得体内的药物含量远低于实际能够抑制病毒复制的浓度水平，无法达到控制HIV病毒增值的目的。而治疗中断是另一个引起耐药性产生的重要原因。总之，患者的依从性不好和耐药性产生之间很容易形成一个恶性循环。
    我们来看一下依从性和耐药性之间的关系。通常情况下，那些完全按照计划服药的患者（依从性100%）治疗效果很好，体内没有病毒大量复制，耐药性产生很慢，专家估算这一人群产生耐药性需要约10年时间。那些完全没有服药的患者，体内的病毒会持续复制增值，最终发展成艾滋病并很快死亡，即没有留下变异型病毒复制增值的空间，不会发生“药物筛选”作用。而正是那些依从性处于中段的患者最容易产生耐药性，他们体内不规律的药物浓度不能够完全抑制病毒，使得病毒有足够的时间能够复制增值，进而通过“药物筛选”作用产生耐药性。
    总结一下，HIV病毒复制被抑制就意味着无法产生耐药性。如果患者能够坚持按时按量服药，体内的病毒水将得到很好的抑制，也不会产生耐药性。但是如果体内的药物浓度过低导致病毒抑制失败，不管是依从性差还是治疗中断都会产生耐药性，使得药物治疗失败。这些将会影响未来无论是一线还是二线药物治疗的长期效果。