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细菌全基因组测序

1. 样本类型和数量：纯化后经过灭活处理的细菌850株。

2. DNA提取：采用SDS或STE的方法对样本的基因组DNA进行提取，之后利用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的纯度和完整性，利用Qubit进行定量。

3.文库构建：经电泳检测合格的DNA样品用Covaris超声波破碎仪随机打断成长度约为350 bp的片段。处理完成后的DNA片段，使用Rapid Plus DNA Lib Prep Kit for llumina(RK20208)试剂盒，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。

4.文库检测：文库构建完成后，先使用Qubit 3.0进行初步定量，文库浓度≥3 ng/ul（总量≥10 ng），使用Agilent对文库的插入片段进行检测，insert size符合预期后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量，以保证文库质量。

5. 测序平台：使用illumina NovaSeq PE150上机测序；

6. 质量保证：细菌基因组分型检测数据量≥1G/样本；原始下机数据测序质量要求: Q20≥90%，Q30≥85%，交付raw data 和clean data；

7. 生物信息学分析内容

  原始下机数据处理:过滤测序质量值低的reads，保留高质量reads，得到Clean Data；

8.数据交付：需要交付raw data 和clean data；

8.1周期要求：从收样开始，样本合格，工作日20天内完成检测并提供分析结果；

8.2 提供在线云平台分析以及通过移动硬盘的数据交付。

8.3 成交供应商技术员可提供上门解读和指导后期数据筛选，持续1年。

9. 样本交接：根据采购人的要求，在指定地点不定期进行标本交接，样本运输必须在干冰条件下运输。

10. 样本运输：供应商负责样品运输，运输费用由供应商承担。

11.数据储存：供应商在提供最终数据后，须免费为采购人继续保留数据不得低于3个月。

2

细菌基因组测序和简单组装多位点序列分析

1. 样本类型和数量：纯化后经过灭活处理的细菌400株。

2. DNA提取：采用SDS或STE的方法对样本的基因组DNA进行提取，之后利用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的纯度和完整性，利用Qubit进行定量。

3.文库构建：经电泳检测合格的DNA样品用Covaris超声波破碎仪随机打断成长度约为350 bp的片段。处理完成后的DNA片段，使用Rapid Plus DNA Lib Prep Kit for llumina(RK20208)试剂盒，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。

4. 文库检测：文库构建完成后，先使用Qubit 3.0进行初步定量，文库浓度≥3 ng/ul（总量≥10 ng），使用Agilent对文库的插入片段进行检测，insert size符合预期后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量，以保证文库质量。

5. 测序平台：使用illumina NovaSeq PE150上机测序；

6. 质量保证：细菌基因组分型检测数据量≥1G/样本；原始下机数据测序质量要求: Q20≥90%，Q30≥85%；

7. 生物信息学分析内容

7.1 原始下机数据处理:过滤测序质量值低的reads，保留高质量reads，得到Clean Data；

7.2 样品组装：进行基因组组装，得到能反映样品基因组基本情况的序列文件，并对组装结果进行评价。每份样本的测序结果文件包括2个raw data的fastq文件以及1个组装好的fasta文件；

7.3基因组序列拼接；

7.4基因组序列拼接效果评价。

8.数据交付：

8.1周期要求：从收样开始，样本合格，工作日30天内完成检测并提供分析结果；

8.2 提供在线云平台分析以及通过移动硬盘的数据交付。

8.3 成交供应商技术员可提供上门解读和指导后期数据筛选，持续3年。

9. 样本交接：根据采购人的要求，在指定地点不定期进行标本交接，样本运输必须在干冰条件下运输。

10. 样本运输：供应商负责样品运输，运输费用由供应商承担。

11.数据储存：供应商在提供最终数据后，须免费为采购人继续保留数据不得低于3个月。

3

微生物扩增子测序分析

根据所扩增的区域特点构建小片段文库，并基于illumina 测序平台对文库进行双端测序。针对测序得到的双端reads，进行拼接、过滤和降噪；对得到的有效数据进行物种注释以及丰度分析；进行α多样性和β多样性分析，挖掘样本间群落结构的差异、个性化分析和深度的数据。

1. 样本类型和数量：食品样本200份。

2. 扩增区域：真菌扩增区域ITS1-1F区域。

3. 文库构建：根据标准SOP建库流程进行扩增子文库构建。

4. 测序平台及策略：使用illumina平台上机测序，测序策略为PE250；

5. 质量保证：测序数据量满足且高于微生物多样性分析的基本要求，大于5万tags。原始下机数据测序质量要求: Q20≥90%，Q30≥85%（二代）。

6. 数据量：每个样品≥5万raw reads（二代）。

7. 生物信息学分析内容：

7.1 测序得到的原始数据（Raw Data），首先对原始数据进行拼接、过滤，得到有效数据（Clean Data）。每份样本的测序结果文件包括2个raw data的fastq文件以及1个组装好的fasta文件。

7.2 基于有效数据通过DADA2进行降噪，并过滤掉丰度小于5的序列，从而获得最终的ASVs。

7.3 对于得到的ASVs，一方面对每个ASV的代表序列做物种注释，得到对应的物种信息和基于物种的丰度分布情况。同时，对ASVs进行丰度、Alpha多样性计算、Venn图和花瓣图等分析，以得到样本内物种丰富度和均匀度信息、不同样本或分组间的共有和特有ASVs信息等。

7.4 对ASVs进行多序列比对并构建系统发育树，通过PCoA、PCA、NMDS等降维分析和样本聚类树展示，探究不同样本或组别间群落结构的差异。

7.5 可以进一步挖掘分组样本间的群落结构差异，选用T-test、MetaStat、LEfSe等统计分析方法对分组样本的物种组成和群落结构进行差异显著性检验。

7.6 扩增子的注释结果可以和相应的功能数据库相关联，可以选用PICRUSt2软件对生态样本中的微生物群落进行功能预测分析。

7.7 提供在线自主参数设置的云平台分析，分析参数等可在云平台上随时调整。云平台支持测序和蛋白，代谢多组学，云平台免费使用。

7.8 周期要求：从收样开始，样本合格，工作日20天内内完成检测并提供分析结果；

7.9 售后驻地技术员上门解读和指导后期数据筛选，持续3年。

8. 样本交接：根据采购人的要求，样本运输必须在干冰条件下运输。

9. 样本运输：供应商负责样品运输，运输费用由供应商承担。

10.数据储存：供应商在提供最终数据后，须免费为采购人继续保留数据不得低于3个月。

1

细菌全基因组测序

850株

2

细菌基因组测序和简单组装多位点序列分析

400株

3

微生物扩增子测序分析

总金额（元）