结核分枝杆菌全基因组测序

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1、利用高通量测序技术，完成合格DNA样本的建库以及全基因组测序。参数：Paired-end 文库双末端测序，双端150bp或以上，总测序深度数据量 ≥ 1G bases；碱基数据Phred Score质量Q30≥80%。

2、获得基因组序列拼装，并对可能混合有2～5种不同物种细菌的宏基因组测序数据进行基因组拆分（Binning），分别获得不同细菌的基因组序列。

3、微生物菌种鉴定：根据基因组序列，利用基因组平均核苷酸一致性（gANI）指标鉴定细菌的物种，物种鉴定的范围是GenBank中所有已公开基因组数据的细菌（约6000个种）；快速鉴定，在上述数据库中搜索得到与受检菌株基因组gANI值最高的10参考基因组需要得到确定的物种信息，结核分枝杆菌复合群（MTBC）需要鉴定得到可靠的亚种，非结核杆菌要得到可靠的菌种。

4、鉴定为分枝杆菌的细菌，利用其基因组序列，检测物种相对应的耐药相关突变基因，根据《结核分枝杆菌复合群突变目录及其与耐药性的关系》（世界卫生组织，2021，ISBN 978-92-4-002818-0）所公布的，耐药基因的突变情况判断相关药物的敏感性。以电子表格的形式，按照抗结核一线药、二线药、其它药的顺序列出相关耐药突变位点信息。

5、利用基因组序列，分物种对分枝杆菌进行基于全基因组序列SNP矩阵、SNP差异、成簇分析和系统发生树的绘制。系统发生树上标注具体样本编号、物种、亚型和耐药信息。

6、对于混合样本（宏基因组）测序拆分（binning）出的细菌基因组，若存在pubMLST分型方案，则需要得到对应的基因标记等位基因序列和分子分型。对于感染相关的病原菌，需要提供相应的抗生素耐药和毒力基因检测，预测相关毒力因子。

7、根据需要进行群体基因结构比对，计算不同亚群（不同地区、不同耐药菌株群体）之间的分子方差统计量（Fst）。

8、 甲方灭活菌株分批寄送乙方。乙方负责DNA提取、测序和分析。DNA提取成功率控制在90%以上。乙方收到菌株后22个工作日内完成测序和分析工作，并将结果交付甲方。

9、乙方需要向甲方提供有关的技术能力证明。接受的证明材料包括3年内发表的结核分枝杆菌基因组学、分子流行病学研究的经同行评议科学引文索引（SCI）论文，或者3年内其他分枝杆菌基因组学的技术服务案例（技术服务合同及对应的产出证明材料，如内容，交付周期等）。