洪涝灾害，水源可能含有多量泥沙，浑浊度高；受人畜粪便、垃圾、尸体污染，各种杂物进入水体，使细菌孳生，水质感官性状恶化和有毒物质污染，极易造成传染病的发生和流行。为了确保大灾之后无大疫，重点做好预防肠道传染病，保证饮水十分重要。
一、临时性供水
在洪涝灾害发生时，通常需要临时性供水。瓶装水运输方便，水质安全，可用来解决应急饮水问题。在道路交通情况允许的条件下，可利用水车送水，水车空间密闭，相对卫生安全，居民可就近取水，使用方便。水车供水时，需由专人负责，并注意饮水消毒，确保水质卫生。
二、水井卫生
在洪水流经地区，淹没了水井，即使洪水退后，直接饮用井水也不安全。因此，退水后要清理水井，并进行消毒。
经水淹的井先抽干井水，清除淤泥，冲洗井壁、井底，再掏尽污水。待水井自然渗水到正常水位后，进行超计量氯消毒。投加量按每吨井水加180片漂白精片计算（溶解倒入）。浸泡12小时后，再抽干井水，在待自然渗水到正常水位后，按正常消毒方法消毒（每吨水加漂精片8—10片），即可投入正常使用。
同时要对水井进行水源防护。水井应有井台、井栏、井盖及井的周围30米内禁止设有厕所、猪圈以及其他可能污染地下水的设施。取水应有专用的取水桶。
三、饮水消毒
将水煮沸是十分有效的灭菌防病方法，因此在灾区应提倡喝开水，不喝生水。在有燃料的地方可采用。
灾害期间最主要的饮水消毒方法是采用消毒剂灭菌。消毒剂种类很多，可参阅使用说明书进行饮水消毒。如：一桶水加一片漂白精片。加入消毒剂放置一段时间后再饮用。同时要保证消毒剂投加量。少了不能保证消毒效果。当然多了，会产生强烈气味使人不能接受。
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