广西ＣＤＣ新发传染病研究室于近日完成了一株肠道７１型病毒（ＥＶ７１）全基因组序列测定。

该毒株来自２００８年广西区一例手足口病死亡儿童，经ＲＤ细胞培养分离并噬斑稀释法克隆纯化。分离标本经卫生部颁布的标准方法检测为肠道病毒７１型感染，遂进行病毒的序列测定工作。病毒分离株经细胞纯化，采用ＢＩＯＥＤＩＴ软件对从ＧＥＮＥＢＡＮＫ上下载的７０条ＥＶ７１的全序列进行同源性比较，筛选出ＥＶ７１核苷酸的保守区段，利用ＰＰ５引物设计软件在保守区段自行设计九对引物对病毒的整个基因组进行ＲＴ－ＰＣＲ，凝胶电泳之后纯化ＤＮＡ，９个片段分别与质粒连接，转化感受态细胞，转化之后的菌液经含有抗性的固态培养基筛选之后，获得了覆盖全基因组的９个首尾重叠的克隆，并在此基础上进行了全基因组（未包括多聚腺苷酸尾）的核苷酸序列测定。９个片段的测序结果去除载体之后，应用ＤＮＡＳＴＡＲ软件做序列拼接，根据测序峰图选取最佳碱基，拼接之后的序列与ＥＶ７１全序列做同源性比较，结果输入ＭＡＧＥ软件绘制进化树并进一步分析。通过以上工作，得出此ＥＶ７１广西分离株全基因组长度为７４０５ｂｐ，其中Ａ占２７．１％，Ｃ占２４．３％，Ｇ占２３．８％，Ｕ占２４．８６％。基因组５’端为７４２个碱基的５’非编码区（５’ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎｒｅｇｉｏｎ，５’ＵＴＲ），其后为６５８２个核苷酸的编码区，编码一个大的多聚蛋白，其后为８１个碱基的３‘非编码区。进化树分析此ＥＶ７１为Ｃ４亚型，与０８年在国内其他地区和近些年在亚洲各国暴发的ＥＶ７１属同一亚型。此病毒基因组全序列已被ＧＥＮＥＢＡＮＫ收录，收录号为ＧＱ８９２８３０。

本次实验由广西ＣＤＣ新发室独立完成全部工作，为广西区内首次对病毒的全基因组序列进行测定并做出详细的全序列分析及进化树分析，其结果不仅有助于阐明ＥＶ７１基因组结构与功能的关系，而且还将为有关病毒生物学特性等方面的研究提供一个分子生物学背景，为广西区的ＥＶ７１的流行病学调查、预防及其治疗等研究提供参考。（杨哲邓丽丽）